「日本古代国家の形成過程と国際交流をさぐる」をメインテーマとする古墳に関する博物館。
「近つ飛鳥風土記の丘」全体を一望できるように設計され、また内部は、出土品が古墳の中に収められているかのように展示されている（安藤忠雄氏の設計）。
展示物は、近つ飛鳥と国際交流／古代国家の源流／現代科学と文化遺産の3つのゾーンに分けられている。
「近つ飛鳥と国際交流ゾーン」では、古墳時代～飛鳥時代／4世紀から7世紀に、一須賀（いちすか）古墳群から夥しい数が出土した剣や刀、金具、耳飾り、指輪などが。「古代国家の源流ゾーン」では、堅穴式石室や横穴式石室などが実物大で再現され、古墳のつくり方や内部などを説明。再現された築造当時の姿の「大仙陵古墳」の模型も。
最後の「現代科学と文化遺産ゾーン」では、1978年に古市古墳群の三ツ塚古墳から出土した修羅とテコ棒をはじめ、水中遺跡の調査や地中レーダー探査、Ｘ線撮影など文化遺産を発掘に使用するさまざまな技術について説明。
また、博物館では定期的に学芸員が案内・解説する周辺の文化財見学も実施し、野外の文化遺産と博物館の一体性を深める活動も展開しているそうだ。
講座や講演、イベント各種なども行われている。