1999年4月24日、横浜動物の森公園内に開園。テーマは「生命の共生・自然との調和」で、開園当時最新の展示方法である生態展示に関しては、日本でトップの動物園を目指して建設された(横浜市の説明等に書かれている展示方法は「生息環境展示」)。2003年には、アフリカの熱帯雨林ゾーンの一部がオープンし、2004年には多目的休憩施設「ころこロッジ」、2006年には自然体験林「わんぱくの森」、2007年には「アカカワイノシシ舎」と「ぱかぱか広場」がオープンした。2009年に「チンパンジー舎」がオープン、「ア